云南省林业和草原科学院植物标本馆具有悠久的历史，由云南省林业和草原科学院植物标本室（国际代码：YAF）和国家林业和草原局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育实验室标本馆（国际代码：YCP）于2011年2月合并组成。云南省林业和草原科学院植物标本室（国际代码：YAF）成立于1963年，除保存有自1959年云南省林业和草原科学院成立60余年以来所采集和收集的植物标本外，还保存有原云南省林业和草原局造林规程编委会50年代初采集的部分标本。国家林业和草原局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育实验室标本馆（国际代码：YCP）成立于1995年，除保存有1984年－1985年在红河地区生物资源科学考察时采集的植物标本和自成立以来收集采集的标本外，还保存有1997年文山州林木种苗工作站和2004年云南省珍稀濒危植物引种繁育中心所转入的全部标本。

        标本馆保存有植物腊叶标本58500余份（其中YAF有41000份（http://sweetgum.nybg.org/ih/herbarium.php?irn=127096）、YCP有17500份（http://sweetgum.nybg.org/ih/herbarium.php?irn=2674））、植物果实和种子标本700余份，其中包括许多珍稀、濒危、特有的物种标本和模式标本，如国内外闻名的极危植物华盖木（Manglietiastrum sinicum Y. W. Law）、毽树（Hopea jianshu Y. K. Yang et al.）、粉背含笑（Magnolia glaucophylla Sima et Hong Yu）等的模式标本、云南省第一次全国国家重点保护野生植物资源调查（1997年－2002年）的所有凭证标本等。是云南这个世界生物多样性保护关键地区的生物多样性重要数据库之一，更是中国生物多样性保护和研究的关键素材库之一，在国内国外植物学界有一定的影响。